Если учет по организации в базе больше не ведется (например, организация ликвидирована), в 1С можно скрыть ее отображение в документах и сервисах. Функция доступна с релиза 3.0.176

Что нужно сделать:
1. Зайдите в Главное — Организации, откройте карточку нужной организации
2. Установите флажок «Скрывать в списках, все операции по организации завершены»
3. Сохраните изменения

После этого организация:
- будет отображаться светло-серым шрифтом в списке
- станет недоступна для выбора в документах, отчетах, списках и т. д.

Также по ней отключаются обмены с сервисами.