В системном реестре есть список служб, которые могут работать в безопасном режиме:

Для безопасного режима:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SafeBoot\Minimal

Для безопасного режима с поддержкой сети:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SafeBoot\Network

Открываем редактор реестра, создаем в указанной ветви раздел с именем MSIServer, открываем его и присваиваем параметру Default значение Service.

Можно создать готовые файлы реестра, для этого создаем текствый файл с расширением .reg, вносим в него следующее содержимое:

Для безопасного режима:

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SafeBoot\Minimal\MSIServer]
@="Service"

Для безопасного режима с поддержкой сети:

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SafeBoot\Network\MSIServer]
@="Service"

После внесения изменений в реестр перезагрузка не требуется, можно сразу запускать нужную службу.
Для этого открываем "Управление компьютером" - "Службы и приложения" - "Службы" запускаем службу "Установщик Windows", либо можно воспользоваться командной строкой:

net start msiserver

Теперь можно штатным образом удалить (установить) приложение, использующие службу Windows Installer в безопасном режиме.